O Programa de Pós-Graduação em Ecologia é classificado pela CAPES como sendo um curso de excelência nível 6. Anualmente a CAPES disponibiliza recursos de custeio e capital para a manutenção do Programa.

Além dos recursos financeiros, o PPGECL conta também com cotas de bolsas de mestrado e doutorado fornecidas pela CAPES e pelo CNPq. Atualmente o Programa possui os seguintes números de bolsas:

Recursos adicionais, de custeio e capital, são obtidos pelos docentes por editais regulares ou esporádicos, tais como:

• CAPES Pro Equipamentos
• FAPDF (demanda espontânea, apoio a visitas técnicas e participação em eventos, dentre outros)
• CNPq (bolsas no país, bolsas de visitantes, demanda espontênea (Edital Universal), PPBio, SISBIOTA, PROCAD)